Königin Dorothea saß nach dem Tod von König Christian III. 1559 in Koldinghus auf einem Witwensitz auf Schloss Sønderborg. In den Jahren 1568-70 richtete Königin Dorothea im Nordflügel von Schloss Sønderborg einen Renaissance-Kirchenraum ein.
Der Flügelaltar wurde um 1550-60 von Frans Floris, Antwerpen, angefertigt. Das Taufbecken besteht aus schwarzem Kalkstein, geflammtem Marmor und Figuren aus Alabaster und wurde 1557 von Christian III. bei Cornelius Floris, Antwerpen, bestellt.
Nach dem Tod von Königin Dorothea im Jahr 1571 übernahm Herzog Hans das jüngere Schloss Sønderborg und aus seiner Zeit stammen die Kanzel, die Throne und die drei Figuren auf der Orgel, diese Teile wurden von einem lokalen Bildhauer, Niels Tagesen, angefertigt.
Aus Herzog Hans' Zeit stammt auch das unglaublich schöne Portal-Epitaph, das die verschlossene Tür zur Krypta mit der herzoglichen Familie umgibt. Das Epitaph aus schwarzem Marmor und Alabaster zeigt Herzog Hans d. J. kniend mit seinen 8 Söhnen auf der einen Seite eines Auferstehungsreliefs und auf der anderen Seite kniend seine erste Frau Elisabeth von Braunschweig-Grubenhagen und ihre 6 Töchter.
Die Kirche hat nur dem Adel gedient und nachdem die herzogliche Familie 1667 das Schloss verlassen hat, endet der reguläre Gottesdienst und der letzte bekannte Akt ist die Beerdigung von Louise Augusta im Jahr 1843.
Für Öffnungszeiten siehe Infos unter Das Museum auf Schloss Sønderborg.
