Siden 1600-tallet har der stået en mølle her på stedet. Oprindeligt var det en stubmølle, som i 1879 blev genopbygget i stilen hollandsk vindmølle og det er den velholdte Nybøl Mølle, der kan ses fra Motorvej 8.
Der findes fortegnelser tilbage til 1649 over samtlige møllere på stedet. En af dem var Peter Asmussen Møller, som havde møllen fra 1679 og frem til hans svigersøn overtog den efter en ulykke i 1702.
En mølle i drift er bestemt ikke ufarlig og ved mangt en mølle finder man beretninger om ulykker. Den 1. marts 1702 var møllekarlen på Nybøl Mølle så uheldig, at blive fanget af et møllehjul og trukket igennem kværnen - Karsten Christensen fra Avnbøl døde i en alder af 25 år.
Under 1. Slesvigske Krig også kaldet 3-årskrigen (1848-50), stod det sidste stor slag ved Nybøl, hvor den preussiske general, Hugh Halkett, havde reorganiseret sine 7000 mand og artilleri i en stærk forsvarstilling mod de danske fremrykkende tropper. Der opstod en voldsom fægtning ved Nybøl Mølle, men takket være general Schleppegrells angreb på flanken, måtte de preussiske tropper opgive og indlede en tilbagetrækning over Adsbøl og Gråsten.
Krigen i 1864 bragte atter preussiske tropper til Nybøl Mølle. Denne gang blev den benyttet som hovedkvarter for general von Roeders 12. Brigade bestående af 4. Brandenburgisches Infanterie-Regiment Nr. 24 og 8. Brandernburgisches Infanterie-Regiment Nr. 64. Den 29. juni 1864, kl. 2 om natten, stod Roeders 12. Brigade klar i Sottrupskov og som de første satte de over Als Sund og indledte kampen om Als.
I 1879 opstod der brand i den gamle stubmølle og man valgte at genopbygge den som en hollandsk vindmølle. Nybøl Mølle var i drift frem til 1957, men først i 1998 opnåede møllen fredning og i den forbindelse blev møllen malet og fik nyt tag og vinger, derudover fik sidebygningen isat nye porte, blev afstivet og fik nyt tag - altsammen ved midler fra Skov- og Naturstyrelsen samt Augustinusfonden.
I dag tilhører Nybøl Mølle Jette og Hans Christian Lind, der gerne åbner for møllen når de er hjemme.
